Verdegaia estrutúrase territorialmente cunha sede central, en Santiago de Compostela, e distintos núcleos comarcais, tomando como referencia o mapa comarcal de Galiza. Tamén existe a posibilidade, en función das especificidades dos problemas ou outros aspectos que así o aconsellen, de constituír núcleos locais, que dependerían directamente da Coordenadora Comarcal correspondente.

 A nivel organizativo, a conformación da asociación reflite a aplicación dos Principios de Organización e Traballo na medida en que recolle como dous dos seus piares o funcionamento democrático dos órganos e a participación activa dos socios e socias.

A estrutura organizativa a nivel galego ten o seu reflexo nas estruturas comarcais, onde existen órganos similares, entendendo as súas funcións dentro do seu ámbito territorial.

Así, o máximo órgano de decisión e a Asemblea Xeral, entendido como órgano de debate e aprobación das liñas principais de actuación da Asociación. Nas comarcas esta función a desenvolve a Asemblea Xeral Comarcal, sempre supeditada ás directrices marcadas pola Asemblea Xeral de Verdegaia.

No periodo entre asembleas, o órgano decisorio é a Comisión Coordenadora Xeral, integrada polos cargos unipersoais da asociación, representantes dos distintos núcleos comarcais e responsábeis de áreas de traballo. Está encargada de aplicar as directrices aprobadas na Asemblea Xeral e de atender ao funcionamento ordinario. O seu equivalente son as Comisións Coordenadoras Comarcais.

Finalmente, a xestión do día a día da asociación descansa sobre a Comisión Permanente, formada polo Coordenador/a Xeral, ViceCoordenador/a Xeral, Secretaría Xeral, ViceSecretaría xeral e Tesourería. Nas comarcas desenvolven esta función o/a Coordenador/a Comarcal, a Secretaría Comarcal e a Tesourería.

Coa finalidade de acrecentar as garantías sobre os dereitos das persoas asociacidas a Verdegaia, constituiuse a Comisión de Garantías, que atenderá posíbeis conflitos que xurdan neste ámbito